Yhdistelmimikroskoopin toimintaperiaate perustuu optiseen suurennustekniikkaan, ja pienten esineiden havaitseminen saavutetaan pääasiassa objektiivisen linssin ja okulaarin yhdistelmällä. Yhdistelmimikroskoopin rakenne sisältää objektiivilinssin, okulaarin, putken, vaiheen, tarkennusnupin, valaistusjärjestelmän ja lauhduttimen, joista jokaisella on erityinen toiminto:
Objektiivilinssi: Vastuu objektin yksityiskohtien alkuperäisestä suurennuksesta. Erilaisten suurennusten objektiivilinssit voidaan vaihtaa erilaisten suurennusasteiden saamiseksi.
Ose: Suurenna objektiivilinssin muodostama kuva, jotta tarkkailija näkee yksityiskohdat selkeämmin.
Barrel: Yhdistää objektiivilinssin ja okulaarin pitääksesi kevyen polun vakaana.
Vaihe: Käytetään havaittavan näytteen asettamiseen.
Focusuppi: Säädä polttoväli tarkasti kuvan tyhjentämiseksi.
Valaistusjärjestelmä: Tarjoaa riittävästi ja tasaisen valon, ja lauhduttelija keskittyy näytteen valon kirkkauden parantamiseksi.
